Il primo abate di cui si conosce il nome fu Martino nominato nel 1092. Nell'atto livellare con il quale fu nominato Martino il monastero di S. Maria è detto presso Morrona e si chiama "Monasterium Radari".

Dal nostro punto di vista, l'atto dimostra che tre soli anni dopo la sua fondazione, l'estensione del terreno era talmente vasta che non poteva più essere lavorata dai soli monaci. Nel 1109 il Conte Ugo dona ai Camaldolesi la chiesa e "Monastero e riserva per sé e per i suoi eredi il patronato".
Negli anni successivi il monastero acquisì redditi sempre più cospicui. Nei documenti in cui i Papi confermano a Camaldoli i beni sotto la sua giurisdizione, abbiamo trovato S.Maria di Morrona elencato tra i beni facenti parte del vescovado volterrano. Nonostante il forte interesse pisano alla Badia, questa rimase sotto la giurisdizione di Volterra fino al 1284.

Per tutto il 1200-1300 la Badia fu contesa tra volterrani, fiorentini, pisani e camaldolesi (legittimi proprietari) fino ad arrivare al 1482 quando, attraverso un atto di forza militare (200 soldati armati con a capo Bartolomeo Soderini vicario del Vescovo di Volterra), i Volterrani presero possesso della Badia.